中国科学院上海应用物理研究所筹建于1958年，成立于1959年，时称“中国科学院上海理化研究所”；2003年6月经中国科学院批准由“中国科学院上海原子核研究所”重组更名为现名。拥有两大园区，分别坐落于上海市科技卫星城嘉定区（地址：嘉罗公路2019号）和上海市张江高科技园区（地址：张衡路239号），占地面积共750亩。上海应用物理所是专业从事民用非动力核技术科学研究的国立研究所，主要开展加速器科学与技术、先进光子科学、核物理与民用非动力核技术、前沿交叉学科等4个学科领域的研究工作，同时积极推进科研成果的产业化。

 
    建所以来，成功研制出我国第一台自行设计建造的1.2米回旋加速器，后改建为30MeV（P）等时性回旋加速器并在其上完成新核素Pt-202的合成与鉴别，实现了我国在新核素合成领域零的突破；研制成功世界上第一台超灵敏小型回旋加速器质谱仪；研制生产出我国第一个载入国家药典的放射性药物。作为我国第一个核电站（“七二八”工程）的主要会战单位，1973年在上海应用物理所（时称“上海原子核研究所”）筹建了我国自己的核电队伍和研究基地；2004年起承担建国以来最大的科学工程——上海光源国家重大科学工程，在张江园区建设一台高性能的中能第三代同步辐射光源（计划于2009年初完工）。建所以来获各类科技奖项192项（含合作项目），其中国家科技进步奖8项（其中3项为合作项目）、国家自然科学奖4项（其中2项为合作项目），其中“重离子核反应的集体效应、奇异核产生及其性质研究”、“重质量丰中子新核素的合成鉴别和研究”获国家自然科学二等奖。

    上海应用物理所建有“中国科学院核分析技术重点实验室”、“上海市低温超导高频腔技术重点实验室”；设有粒子物理与原子核物理、核技术及应用、无机化学博士、硕士学位培养点，以及光学工程、电磁场与微波技术、信号与信息处理硕士学位培养点；设有物理学、核科学与技术及应用博士后流动站。截止2007年底，共有在职职工706人、在学研究生333人、在站博士后14人。主办《核技术》、《核科学与技术》（英文版）、《辐射研究和辐射工艺学报》等学术刊物；上海市原子核学会、中国核学会辐射研究与辐射工艺分会挂靠上海应用物理所。

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